囊胚只移植一个的原因是着床率相对较高，这样可以减少多胎妊娠的风险、提高成功率、保证胚胎质量及缓解对身体的压力。只移植一个胚胎可以确定胚胎质量和植入的成功机率。专业的辅助生殖专家可以通过观察和评估胚胎，挑选出质量优秀的胚胎进行移植。也能减少多胎妊娠的风险，如高血压、妊娠期糖尿病、宫颈功能不全、出血等。
为什么囊胚只移植一个
受孕几率较高
临床意义上来说，囊胚移植的成功率通常是可以达到60%左右，部分例子可以达到70%左右，甚至更高的可以到80%以上，也就是说通过移植的囊胚一般都是可以成功种植的，所以也就说成功率会比较高，就不需要进行多个移植。
移植多个有风险
由于囊胚需要在在体外培养的时间是比其他方式的长，所以在移植后可能会因为其他因素，从而导致囊胚在体内进行分裂形成双胎或者多胎。在一些情况下1-2个的囊胚分裂后，可能会形成三胞胎，严重的甚至产生四胞胎。
对这个尝试试管技术的患者伤害是比较大的，因为多胎妊娠的风险较高，一般需要进行减胎手术，严重的情况下可能对已经成活的胚胎产生伤害，因此，一次移植一个囊胚是最稳妥的，所以选择移植囊胚一个的效果比较好。
宫腔环境不良
若是女性不孕不育是宫腔内环境受限引起的，如果盲目移植两个囊胚，可能不利于两个囊胚同时存活，此时移植一个囊胚，可以提高成活的几率。