自然周期内膜不长多和体内的雌激素水平低下有关。如果有过引产，损伤到子宫内膜的基底层，也会发生子宫内膜不长。建议首先在月经周期的第2-5天抽血查女性激素水平六项，了解卵巢功能。如果雌激素水平低下，说明卵巢功能减退，可以用雌孕激素进行周期治疗。如果女性激素水平六项正常，雌激素不低，考虑为子宫内膜本身的病变或者是流产对子宫内膜的损伤导致。
自然周期内膜不长怎么回事
自然周期治疗的女性在进周后月经的期的2-5天内使用雌激素，等过了10天以后每隔3-5天通过B超检查检测内膜的厚度，如果厚度还没达标，就需要在移植前加用孕激素，促使子宫内膜的生长，只有当子宫内膜的厚度达标后才能做移植手术。
子宫内膜是性激素的靶器官，子宫内膜生长主要受身体的雌激素水平控制。一般来说，女性雌激素水平越高，子宫内膜生长越快，厚度和相对月经量就会越大若是子宫内膜不长反降，则很有可能和激素水平低有关系。即使是通过试管辅助生育的女性，自然周期方案也只适合月经周期正常、排卵正常、以及内膜条件比较好的女性。
自然周期内膜不长的原因：
1、在进入试管自然周期治疗的女性如果雌、孕激素水平同时下降，可能出现子宫内膜增生，或闭经、更年期等现象。此时应该检查体内激素水平，如若是体内激素水平偏低，应及时补充性激素。
2、如果子宫内膜长时间不长，还有可能伴有器质性病变，有时会伴有内分泌疾病等功能性病变，需要作出鉴别和治疗。如果女性近期有宫腔手术史，如流产、刮宫等，有时手术会损伤子宫内膜，引起子宫内膜变薄，甚至引起宫腔粘连，导致子宫内膜不会长。