第五天囊胚和第六天囊胚的主要区别在于发育速度以及成熟程度。受精卵会在实验室中沿着天然生育的步骤发育成囊胚，第五天囊胚是在受精后的第五天达到囊胚阶段的胚胎，而第六天囊胚则是在受精后的第六天达到囊胚阶段。从发育速度上看，第五天囊胚的发育速度要快于第六天囊胚，可能反映出该胚胎的生长活力和潜在质量较第六天囊胚更优。
5天囊胚和6天囊胚的区别
5天囊胚和6天囊胚的区别，主要在于发育程度不同、着床时间不同、发育潜能不同、着床后发育情况不同、成功率不同等，需要在医生的指导下进行判断。
1、发育程度：5天囊胚指的是受精卵培养5天左右形成的胚胎，而6天囊胚指的是受精卵培养6天左右形成的胚胎；
2、着床时间：5天囊胚着床时间比较早，一般在受精后的第3天左右着床。而6天囊胚着床时间比较晚，一般在受精后的第6天左右着床；
3、发育潜能：5天囊胚的发育程度比较高，而且囊胚腔也比较大，进行胚胎移植后，可能会在宫腔内进行游走，从而导致着床率比较高。而6天囊胚的发育程度比较低，囊胚腔也比较小，进行胚胎移植后，可能会在宫腔内进行流动，从而导致着床率比较低；
4、着床后发育情况：如果是5天囊胚，着床后会分泌大量的HCG，而且会隔天翻倍增长，一般在怀孕8~10周左右，HCG会达到高峰，并且随后会逐渐下降。但如果是6天囊胚，着床后HCG的分泌量会比较少，并且翻倍情况也比较差，一般在怀孕10周左右，HCG才会达到高峰，并且随后会逐渐下降；
5、成功率：由于每个患者的体质不同，所以囊胚的成功率也会有所不同。如果患者的体质比较好，而且发育也比较快，囊胚的成功率相对比较高。但如果患者的体质比较虚弱，而且发育也比较慢，囊胚的成功率相对比较低。